Η διοίκηση του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών ασκείται από τα μέλη της Συντονιστικής Επιτροπής σύμφωνα µε το νόμο 2083/92, άρθρο 12, §.1, εδάφιο γ’ και συμμετέχουν αναλογικά όλοι οι συνεργαζόμενοι φορείς.

Η Συντονιστική Επιτροπή αποτελείται από 9 µέλη, 4 µέλη ∆ΕΠ από το τμήμα Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών, 2 µέλη ∆ΕΠ από το τμήμα Τεχνολογίας Ιατρικών Οργάνων, 2 μέλη από το Ίδρυμα Ιατροβιολογικών Ερευνών της Ακαδημίας Αθηνών και 1 μέλος από το Ινστιτούτο Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών, ΕΚΕΦΕ Δημόκριτος. Τα µέλη της Επιτροπής εκλέγονται από τη Γενική Συνέλευση Ειδικής Σύνθεσης του Τμήματος Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών.

Η Επιτροπή για την περίοδο 2010 – 2011 έχει την εξής σύνθεση:

• Τμήμα Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών

Ι. Εμίρης
Σ. Θεοδωρίδης
Ηλ. Μανωλάκος
Εμ. Σαγκριώτης

• Τμήμα Τεχνολογίας Ιατρικών Οργάνων

Ε. Βεντούρας
Δ. Κάβουρας

• Ίδρυμα Ιατροβιολογικών Ερευνών Ακαδημίας Αθηνών

Ε. Αναστασιάδου
Γ. Σπύρου

• Ινστιτούτο Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών, ΕΚΕΦΕ Δημόκριτος

Στ. Περαντώνης

Πρόεδρος της Συντονιστικής Επιτροπής και Διευθυντής του προγράμματος από τον Απρίλιο του 2009 έχει οριστεί από την Γ.Σ.Ε.Σ. ο Αν. Καθηγητής Ηλίας Μανωλάκος. Ο προηγούμενος Διευθυντής ήταν ο Καθηγητής Σ. Θεοδωρίδης.