Η διοίκηση του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών ασκείται από τα μέλη της Ειδικής Διιδρυματικής Επιτροπής (Ε.Δ.Ε.) η οποία συγκροτείται από έναν εκπρόσωπο και ένα αναπληρωματικό μέλος από κάθε Ίδρυμα που διοργανώνει το παρόν Δ.Π.Μ.Σ. ενώ το επισπεύδον Συντονιστικό Τμήμα (ΕΚΠΑ) εκπροσωπείται από 2 τακτικά μέλη και δύο αναπληρωματικά μέλη. Ο Διευθυντής της Ε.Δ.Ε. εκλέγεται από τα μέλη της και έχει 2ετή θητεία.

Η Επιτροπή για την περίοδο 2015 – 2017 έχει την εξής σύνθεση:

• Τμήμα Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών

Ι. Εμίρης, Σ.Θεοδωρίδης
Αναπληρωτές:Μ. Κουμπαράκης, Ηλ. Μανωλάκος

• Τμήμα Τεχνολογίας Ιατρικών Οργάνων

Δ. Κάβουρας
Αναπληρωτής: Ε. Βεντούρας

• Ίδρυμα Ιατροβιολογικών Ερευνών Ακαδημίας Αθηνών

Ε. Αναστασιάδου
Αναπληρωτής: Γ. Σπύρου

Διευθυντής του προγράμματος έχει οριστεί ο Καθηγητής Σέργιος Θεοδωρίδης. Ο προηγούμενος Διευθυντής ήταν ο Καθηγητής Η. Μανωλάκος.